Google PlayにアップロードしたAPKファイルが実際に配布されているものと同じなのかと疑問に思ったので調べてみました。
試した方法はAPKファイルをDeveloper ConsoleにAPKをアップロードした後、そのAPKがGoogle Playからダウンロード可能になった時点でそれを端末にインストールしました。インストールした端末からAPKファイルを取得したものとアップロードしたファイル（PC上に保存しておいたファイル）とバイナリ比較をします。
結果は同じものでした。
アップロードしたAPKに何らかの変更がされるかと思っていたのですが、そんなことはありませんでした。リリース用に作ったAPKを端末にインストールして実行すれば、それはリリースしたときの動きと全く同じだということです。
テスト方法の詳細を書いておきます。
バイナリ比較にはコマンドプロンプトでcompというコマンドで行いました。
端末からAPKファイルを取得するにはファイルのパスを見つけた後、adb pullコマンドを使用してPC上にファイルをコピーします。パスの見つけ方はadb shell pm list packages -fというようにすれば端末にインストールされているアプリが一覧で出力されるので、対象のパッケージ名を見つければ良いです。