Unityを終了させると変更が保存される

Unity で行った変更のいくつかはすぐにファイルに保存されているわけではありません。Unity 上では変更（プレハブの値の変更など）がすぐに反映されますが、それはおそらくLibrary フォルダ内への反映だと思われます。
いずれにしろUnity を終了させたときに全ての変更がファイルに書き込まれます。

バージョン管理を行っている場合は、Unity を立ち上げたままでコミットしてはならないということです。
バージョン管理行っていない人はあまり気にしなくても問題ありません。