プログラムのソースコードはバージョン管理することが便利です。しなくてもプログラムできますが、しておくと後で必ず役に立ちます。
どんなことをするかと言うと、ある時点でのプログラムを保存しておきます。この保存時にファイルには番号（バージョン）が振られます。どの番号のファイルも取得することができ、それに戻すこともできます。ファイルを消してしまっても番号を指定して取得することもできます。
管理用の置き場があって、そこにすべてのファイルがバージョンごとに保管されているイメージで良いと思います。全部の履歴があるのだから、戻したり、見比べたりすることができるわけです。
色々なバージョン管理用のソフトがあります。フリーソフトでも存在しています。
私は、Apache Subversionというものを利用しています。コマンドラインでは分かりづらいので、クライアントとしてTortoiseSVNを使っています。
クライアントは、コマンドとして命令しなければいけないものをアイコンのクリックとかのインターフェースにおきかえてくれる便利ツールです。
Subversion（SVNとも）を使っているのは、慣れているからです。また無料であり、商用利用も可能なので面倒な問題がなさそうです。
スクリプトだけがバージョン管理の対象かというとそんなことはありません。Unityの場合、プレハブやシーンなどすべてのアセットが対象です。
ただし、スクリプトだけ管理する場合と違い設定すべきことがあります。それに関しては次回詳細を書いておこうと思います。
バージョン管理というものがあり、それを使うと役に立ちます。
新しいアプリを作るときは必ずすることにしています。しないと作れないほど便利です。
【追記】
UnityのプロジェクトをSubversion(SVN)で管理する方法について書きました。