Unityでスクリプトを編集するときはMonoDevelopが基本です。良いところもありますが、私はこれをあまり使っていません。JavaScriptやBooでスクリプトを書くならこれでも良いと思いますが、C#の場合はVisual Studioを使う方が好きです。
コメントを日本語で書きづらいのが、MonoDevelopの最大の欠点だと思っています。書けるけども確定するまで表示されないので、わかりにくいです。
MonoDevelopを使うのは、デバッグのときとちょっとした編集の時です。
Visual Studioを使うには、
UnityのメニューのAssets->Sync MonoDevelop Projectを押せばVisual Studio用のファイルが作られます。Assembly-CSharp.csprojとか*.slnとかができるので、それを開けばスクリプトの編集が行えます。
Visual StudioとUnityをもっと連携させる方法もあるようですが、とりあえず使ってみたいなら上記の方法が簡単です。